ВЫЯВЛЕНИЕ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ ВИДОВ ГИДРОБИОНТОВ ОЗЕРА ВЕРХНИЙ КАБАН Г.КАЗАНИ К ЗОНАМ САПРОБНОСТИ ПО МАРКЕРНОМУ ГЕНУ 18S рРНК

SAPROBITY IDENTIFICATION OF HYDROBIONT SPECIES OF VERHNIY KABAN LAKE OF KAZAN BY 18S rRNA MARKER GENE

JOURNAL: «SCIENTIFIC NOTES OF V.I. VERNADSKY CRIMEAN FEDERAL UNIVERSITY. Biology. Chemistry» Volume 6 (72), №4, 2020

Publication text (PDF):Download

UDK: 577;574

AUTHOR AND PUBLICATION INFORMATION

AUTHORS:

Sverdrup A. E., Kazan Federal University, Kazan, Russia

Frolova L. L., Kazan Federal University, Kazan, Russia

TYPE:Article

DOI:https://doi.org/10.37279/2413-1725-2020-6-4-127-142

PAGES:from 127 to 142

STATUS:Published

LANGUAGE:Russian

KEYWORDS: molecular phylogeny, 18S rRNA marker gene, hydrobionts, freshwater reservoirs, saprobity, Lake Verhniy Kaban.

ABSTRACT (ENGLISH):

The paper presents the results of a study of the hypothetical evolution of unicellular hydrobionts from Verhniy Kaban Lake of Kazan by 18S rRNA marker gene with aim of identifying species saprobity based on molecular phylogenetic analysis.

Verhniy Kaban Lake is an isolated freshwater reservoir. Its coastline is relatively smooth except for the northern end, which forms swampy and overgrown bay. To the West of lake an urban settlement is situated and to the East are highway and garden plots. Lake length is about 1 km, average and maximum widths are 245 m and 370 m respectively. Deepest point is 15 m; average depth is 8 m; lake area – 25 hectares.

Quality of lake water is classified as polluted. One of methods used for ecological assessment of water reservoirs is the bioindication method based on ability of indicator species to survive in water of certain pollution degree. At present, freshwater hydrobiont species from V.Sladechek’s list (1973) are used as indicators. Indicator species lists expand very slowly due to the long process of experimental observations. At the same time, price drop of the next-generation sequencing technologies allows to identify more organisms and run molecular phylogenetic analysis with aim of identifying species saprobity based on study of hypothetic evolution of hydrobionts by marker genes including 18S rRNA. The advantage of using 18S rRNA/16S rRNA ribosomal genes is that they are present in all organisms. Ribosomal genes are ones of the most conservative genes. Therefore, the systematic position of the organism and the time of divergence with closely related species can be determined via analysis of similarities and differences in rRNA sequences.

Molecular phylogenetic trees were constructed by the neighbour joining (NJ) and maximal parsimony (MP) methods for Verhniy Kaban Lake hydrobionts identified with next-generation sequencing method (Illumina) by 18S rRNA marker gene (SRR7510986, SRR7465374, SRR7516513). Phylogenetic analysis of hydrobionts of Verhniy Kaban Lake by 18S rRNA marker gene revealed 12 clusters with a high bootstrap value
(68–100 %), containing 12 existing indicator species of hydrobionts and 13 unicellular algae and ciliates – indicator species of different saprobity that did not previously have the status of bioindicators – algae: Diplosphaera mucosa (o-b-saprobity), Mucidosphaerium pulchellum (p-a-saprobity), Dinobryon pediforme (b-mesosaprobity), Gomphoneis minuta
(b-mesosaprobity), Nitzschia amphibia (o-b-saprobity), Rhabdonema adriaticum
(o-b-saprobity), Synura mammillosa (b-o-saprobity), Cryptomonas ozolini
(b-mesosaprobity); ciliates: Astylozoon enriquesi (b-mesosaprobity), Blepharocorys curvigula (p-saprobity), Enchelys gasterosteus (p-saprobity), Monocoronella carnea
(a-b-mesosaprobity), Plagiopogon loricatus (b-a-mesosaprobity).

Most identified indicator species group near b-mesosaprobity. This indicates ecological state of Verhniy Kaban Lake as polluted by ecological assessments.

ВВЕДЕНИЕ

Озера Кабан расположены в черте крупного промышленного города Казани и постоянно испытывают антропогенную нагрузку. Они представляют собой водную систему, состоящую из трёх крупных городских водоёмов – Верхний Кабан, Средний Кабан и Нижний Кабан. Озеро Верхний Кабан – обособленный водоём, который расположен в 1,3 км от озера Средний Кабан, не соединяется с остальными водоёмами и обладает наименьшими размерами. Береговая линия сравнительно ровная, за исключением северного конца, образующего узкий залив, частично заболоченный и зарастающий. На западном берегу озера располагается городской посёлок, на восточном берегу – автодорога и далее, на склоне, садовые участки. Длина озера составляет около 1 км, средняя ширина 245 м, максимальная ширина – 370 м. Наибольшая глубина озера – 15 м; средняя глубина – 8 м; площадь озера – 25 га [1].

По санитарно-экологическим показателям озера Кабан относятся к загрязнённым. Одним из методов, используемых для оценки экологического состояния водоёмов, является метод биоиндикации, основанный на способности индикаторных видов организмов выживать в воде с той или иной определённой степенью загрязнения. В настоящее время в качестве индикаторов используются виды пресноводных гидробионтов из списка В. Сладечека (1973) [2]. Списки видов-индикаторов пополняются крайне медленно из-за длительности процесса проведения экспериментальных наблюдений. В то же время снижение стоимости технологий секвенирования нового поколения с высокой пропускной способностью позволяет идентифицировать большое количество организмов [3–5] и проводить молекулярный филогенетический анализ с целью выявления принадлежности видов к зонам сапробности на основе исследования гипотетического хода эволюции видов гидробионтов по маркерным генам [6], в том числе по гену 18S рРНК. Преимуществом исследования по рибосомным генам 18S рРНК/16S рРНК является их присутствие во всех организмах. Гены рРНК – одни из наиболее консервативных генов. Поэтому систематическое положение организма и время расхождения с близкими видами могут быть определены на основании анализа сходств и различий в последовательностях рРНК [7].

Выявление бóльшего количества видов-индикаторов значительно повысит достоверность оценки качества воды водоёмов.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

В работе использованы современные методы молекулярной биологии, биоинформатики и молекулярной филогении.

Поиск и множественное выравнивание нуклеотидных последовательностей маркерного гена 18S рРНК гидробионтов проведены с использованием онлайн-программ на сайте NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/), реконструкция и визуализация молекулярных филогенетических деревьев проведены с помощью программы MEGA-X (Molecular Evolutionary Genetics Analysis, http://www.megasoftware.net/).

Молекулярные филогенетические деревья построены методами присоединения соседей (NJ) [8, 9] и максимальной экономии (MP) [10, 11] для гидробионтов озера Верхний Кабан, идентификация которых была проведена по методу секвенирования нового поколения (Illumina) с использованием маркерного гена 18S рРНК (SRR7510986, SRR7465374, SRR7516513). Бутстреп-значения приведены рядом с узлами обобщённого дерева [12]. В таблице 1 рядом с названием вида указана его сапробность из списка В. Сладечека (1973), приведён идентификационный номер его нуклеотидной последовательности 18S рРНК в международной базе данных GenBank.

Таблица 1

Идентификационные номера нуклеотидных последовательностей 18S рРНК видов гидробионтов в базе данных GenBank

S*ВидNCBI IDSВидNCBI ID
 Achlya bisexualis166300 Lagerheimia longiseta442571948
 Achnanthidium minutissimum789408363 Lagynion scherffelii5257240
pAcineria incurvata645759758 Licmophora abbreviata924436425
 Actinotaenium phymatosporum23304137 Licmophora grandis126116676
 Amphora laevissima612408392 Lindernia crustacea284975304
o-bAmphora ovalis612408395 Makinoella tosaensis824632969
 Apokeronopsis crassa404425838 Meyerella planktonica28883446
o-bAsterionella formosa370991436 Monocoronella carnea224579099
 Astragalus variabilis751813766 Mucidosphaerium pulchellum37362085
 Astylozoon enriquesi17223768 Muriella terrestris3721581
 Bacillaria paxillifer959096469 Myoschiston cf.duplicatum381149199
 Bicosoeca kenaiensis749396754 Nassula labiata558697254
 Blepharocorys curvigula269246308 Navicula cf.normaloides1005406241
o-bBotryococcus braunii225903793 Navicula cryptotenelloides952988073
 Bryometopus triquetrus675304917 Neobodo borokensis930722314
 Cassytha filiformis523916672 Nitzschia amphibia56398975
 Chamabainia cuspidata557162315o-bNitzschia fonticola58416170
 Chilodonella acuta588494198 Paranophrys magna430737142
 Chilodonella parauncinata693735214 Pavlova granifera330423569
p-aChlorella vulgaris1237896213 Physaria ludoviciana984915404
 Chromophyton vischeri281371119 Phytophthora porri403181314
 Coccolithus braarudii32879327 Phytophthora sojae53693098
bCocconeis placentula329343421 Placus salinus558697259
 Coleochaete scutata18289 Plagiopogon loricatus514076798
b-aColeps hirtus4090657 Plagioselmis nannoplanctica215262414
 Croton texensis984915385 Porpostoma notata306032968
bCryptomonas curvata1003585960 Protocyclidium sinica514076830
 Cryptomonas ozolini529274331 Rhabdonema adriaticum555823261
 Cucumis melo13876599 Sartidia perrieri1001184035
 Cyathea poeppigii109138938 Siluania monomastiga3335210
 Cyclonexis annularis5257246 Sorodiplophrys stercorea1000926255
 Cyclotella choctawhatcheeana168145946 Storeatula major1777916
b-aCymatopleura solea906411159 Synura mammillosa2058487
bCymbella cistula725655009bSynura petersenii2058488
 Dexitrichides pangi28974302b-oSynura spinosa859809142
bDinobryon divergens1210424080 Telotrochidium matiense157367079
 Dinobryon pediforme728802316 Tessellaria volvocina2058491
 Diplosphaera mucosa664686831o-bTintinnidium fluviatile388540836
 Emiliania huxleyi514253898 Trithigmostoma cucullulus290581700
 Enchelys gasterosteus324499387 Uroglenopsis americana5257242
 Epistylis chlorelligerum699360684 Urosolenia eriensis329343406
 Eunotia minor789408372 Urosomoida agilis674781142
 Exanthemachrysis gayraliae99907146a-bUrostyla grandis822576503
 Glaucocystis nostochinearum683567 Vampyrella lateritia378734995
 Gomphoneis minuta725655038pVorticella aequilata363412175
 Goniomonas avonlea411170591bVorticella mayeri1002824137
 Hibberdia magna174830 Zoothamnium pluma110294735
 Humidophila australis694880111 Zygnema circumcarinatum669688778
 Hyalosynedra cf.laevigata126116673 Lewinskya sordidum109138912
 Kleinstyla dorsicirrata471272487*S – сапробность по В.Сладечеку:
о-олиго-, b-бетамезо-, a-альфамезо-,
р-поли-сапробы

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Молекулярные филогенетические деревья построены двумя методами – присоединения соседей (NJ) и максимальной экономии (MP) – для гидробионтов озера Верхний Кабан, идентификация которых была проведена по методу секвенирования нового поколения (Illumina) с использованием маркерного гена
18S рРНК. Обобщённое филогенетическое дерево по маркерному гену 18S рРНК гидробионтов озера Верхний Кабан приведено на рис. 1. Бутстреп-значения приведены рядом с узлами дерева.

Как видно из рис. 1, на обобщённом молекулярном филогенетическом дереве выявлено 12 кластеров с высоким бутстреп-значением, содержащих индикаторные виды гидробионтов и виды-индикаторы разных зон сапробности, не имевших ранее статус индикаторных видов:

Кластер 1: Вид Vorticella mayeri – b-индикатор сгруппирован с неиндикаторным видом Astylozoon enriquesi с высоким бутстреп-значением 100 %. В табл. 2 приведено таксономическое положение сгруппированных организмов.

Таблица 2

Таксономическое положение сгруппированных гидробионтов

Vorticella mayeri и Astylozoon enriquesi

DomainEukaryotaEukaryota
KingdomChromistaChromista
PhylumCiliophoraCiliophora
ClassOligohymenophoreaOligohymenophorea
OrderSessilidaSessilida
FamilyVorticellidaeAstylozoidae
Genus, SpeciesVorticella mayeriAstylozoon enriquesi

Рис. 1. Обобщённое филогенетическое дерево по маркерному гену 18S рРНК гидробионтов озера Верхний Кабан (NJ/MP).

Продолжение рис. 1.

Как видно из табл. 2 кластер 1 содержит организмы, близкие по таксономическому положению, и вид Astylozoon enriquesi может рассматриваться как индикатор bмезосапробности с вероятностью 100 %.

Кластер 2: Вид Coleps hirtus – baиндикатор сгруппирован с неиндикаторным видом Plagiopogon loricatus с высоким бутстреп-значением 99 %. В табл. 3 приведено таксономическое положение сгруппированных организмов.

Таблица 3

Таксономическое положение сгруппированных гидробионтов

Coleps hirtus и Plagiopogon loricatus

DomainEukaryotaEukaryota
KingdomChromistaChromista
PhylumCiliophoraCiliophora
ClassProstomateaProstomatea
OrderProrodontidaProrodontida
FamilyColepidaeColepidae
Genus, SpeciesColeps hirtusPlagiopogon loricatus

Как видно из табл. 3 кластер 2 содержит организмы, близкие по таксономическому положению, и вид Plagiopogon loricatus может рассматриваться как  индикатор baмезосапробности с вероятностью 99 %. 

Кластер 3: Вид Acineria incurvata – pиндикатор сгруппирован с неиндикаторными видами Blepharocorys curvigula и Enchelys gasterosteus с высоким бутстреп-знчением 100 %. В табл. 4 приведено таксономическое положение сгруппированных организмов.

Таблица 4

Таксономическое положение сгруппированных гидробионтов

Acineria incurvata, Blepharocorys curvigula и Enchelys gasterosteus

DomainEukaryotaEukaryotaEukaryota
KingdomChromistaChromistaChromista
PhylumCiliophoraCiliophoraCiliophora
ClassLitostomateaLitostomateaLitostomatea
OrderPleurostomatidaEntodiniomorphidaHaptorida
FamilyLitonotidaeBlepharocorythidaeEnchelyidae
Genus, SpeciesAcineria incurvataBlepharocorys curvigulaEnchelys gasterosteus

Как видно из табл. 4 кластер 3 содержит организмы близкие по таксономическому положению до уровня Class, и виды Blepharocorys curvigula и Enchelys gasterosteus могут рассматриваться как индикаторы pсапробности с вероятностью 100 %. 

Кластер 4: Вид Urostyla grandis – ab-индикатор сгруппирован с неиндикаторным видом Monocoronella carnea с высоким бутстреп-значением 95 %. В табл. 5 приведено таксономическое положение сгруппированных организмов.

Таблица 5

Таксономическое положение сгруппированных гидробионтов

Urostyla grandis и Monocoronella carnea

DomainEukaryotaEukaryota
KingdomChromistaChromista
PhylumCiliophoraCiliophora
ClassSpirotricheaSpirotrichea
OrderUrostylidaUrostylida
FamilyUrostylidaeUrostylida incertae sedis
Genus, SpeciesUrostyla grandisMonocoronella carnea

Как видно из табл. 5 кластер 4 содержит организмы близкие по таксономическому положению, и вид Monocoronella carnea может рассматриваться как индикатор abмезосапробности с вероятностью 95 %. 

Кластер 5: Вид Synura spinosa – boиндикатор сгруппирован с неиндикаторным видом Synura mammillosa с высоким бутстреп-значением 72 %. В табл. 6 приведено таксономическое положение сгруппированных организмов.

Таблица 6

Таксономическое положение сгруппированных гидробионтов

Synura spinosa и Synura mammillosa

DomainEukaryotaEukaryota
KingdomChromistaChromista
PhylumHeterokontaHeterokonta
ClassSynurophyceaeSynurophyceae
OrderSynuralesSynurales
FamilyMallomonadaceaeMallomonadaceae
Genus, SpeciesSynura spinosaSynura mammillosa

Как видно из табл. 6 кластер 5 содержит организмы, близкие по таксономическому положению, и вид Synura mammillosa может рассматриваться как индикатор boсапробности с вероятностью 72 %.

Кластер 6: Вид Dinobryon divergens – bиндикатор сгруппирован с неиндикаторным видом Dinobryon pediforme с высоким бутстреп-значением 94 %. В табл. 7 приведено таксономическое положение сгруппированных организмов.

Таблица 7

Таксономическое положение сгруппированных гидробионтов

Dinobryon divergens и Dinobryon pediforme

DomainEukaryotaEukaryota
KingdomChromistaChromista
PhylumOchrophytaOchrophyta
ClassChrysophyceaeChrysophyceae
OrderChromulinalesChromulinales
FamilyDinobryaceaeDinobryaceae
Genus, SpeciesDinobryon divergensDinobryon pediforme

Как видно из табл. 7 кластер 6 содержит организмы, близкие по таксономическому положению, и вид Dinobryon pediforme может рассматриваться как индикатор bмезосапробности с вероятностью 94 %. 

Кластер 7: Вид Cymbella cistulla – b-индикатор сгруппирован с неиндикаторным видом Gomphoneis minuta с высоким бутстреп-значением 100 %. В табл. 8 приведено таксономическое положение сгруппированных организмов.

Таблица 8

Таксономическое положение сгруппированных гидробионтов

Cymbella cistulla и Gomphoneis minuta

DomainEukaryotaEukaryota
KingdomChromistaChromista
PhylumOchrophytaOchrophyta
ClassBacillariophyceaeBacillariophyceae
OrderCymbellalesCymbellales
FamilyCymbellaceaeGomphonemataceae
Genus, SpeciesCymbella cistulaGomphoneis minuta

Как видно из табл. 8 кластер 7 содержит организмы, близкие по таксономическому положению, и вид Gomphoneis minuta может рассматриваться как индикатор bмезосапробности с вероятностью 100 %. 

Кластер 8: Вид Asterionella formosa – ob-индикатор сгруппирован с неиндикаторным видом Rhabdonema adriaticum с бутстреп-значением 68 %. В табл. 9 приведено таксономическое положение сгруппированных организмов.

Таблица 9

Таксономическое положение сгруппированных гидробионтов

Asterionella formosa и Rhabdonema adriaticum

DomainEukaryotaEukaryota
KingdomChromistaChromista
PhylumOchrophytaOchrophyta
ClassFragilariophyceaeBacillariophyceae
OrderFragilarialesRhabdonematales
FamilyFragilariaceaeRhabdonemataceae
Genus, SpeciesAsterionella formosaRhabdonema adriaticum

Как видно из табл. 9 кластер 8 содержит организмы, близкие по таксономическому положению до уровня Phylum, и вид Rhabdonema adriaticum может рассматриваться как индикатор ob-сапробности с вероятностью 68 %. 

Кластер 9: Вид Nitzschia fonticola – ob-индикатор сгруппирован с неиндикаторным видом Nitzschia amphibia с высоким бутстреп-значением 92 %. В табл. 10 приведено таксономическое положение сгруппированных организмов.

Таблица 10

Таксономическое положение сгруппированных гидробионтов

Nitzschia fonticola и Nitzschia amphibia

DomainEukaryotaEukaryota
KingdomChromistaChromista
PhylumOchrophytaOchrophyta
ClassBacillariophyceaeBacillariophyceae
OrderBacillarialesBacillariales
FamilyBacillariaceaeBacillariaceae
Genus, SpeciesNitzschia fonticolaNitzschia amphibia

Как видно из табл. 10 кластер 9 содержит организмы, близкие по таксономическому положению, и вид Nitzschia amphibia может рассматриваться как индикатор obсапробности с вероятностью 92 %.

Кластер 10: Вид Cryptomonas curvata – bиндикатор сгруппирован с неиндикаторным видом Cryptomonas ozolini с высоким бутстреп-значением 100 %. В табл. 11 приведено таксономическое положение сгруппированных организмов.


Таблица 11

Таксономическое положение сгруппированных гидробионтов

Cryptomonas curvata и Cryptomonas ozolini

DomainEukaryotaEukaryota
KingdomChromistaChromista
PhylumCryptophytaCryptophyta
ClassCryptophyceaeCryptophyceae
OrderCryptomonadalesCryptomonadales
FamilyCryptomonadaceaeCryptomonadaceae
Genus, SpeciesCryptomonas curvataCryptomonas ozolini

Как видно из табл. 11 кластер 10 содержит организмы, близкие по таксономическому положению, и вид Cryptomonas ozolini может рассматриваться как индикатор bмезосапробности с вероятностью 100 %.

Кластер 11: Вид Chlorella vulgaris – paиндикатор сгруппирован с неиндикаторным видом Mucidosphaerium pulchellum с высоким бутстреп-значением 100 %. В табл. 12 приведено таксономическое положение сгруппированных организмов.

Таблица 12

Таксономическое положение сгруппированных гидробионтов

Chlorella vulgaris и Mucidosphaerium pulchellum

DomainEukaryotaEukaryota
KingdomPlantaePlantae
PhylumChlorophytaChlorophyta
ClassTrebouxiophyceaeTrebouxiophyceae
OrderChlorellalesChlorellales
FamilyChlorellaceaeChlorellaceae
Genus, SpeciesChlorella vulgarisMucidosphaerium pulchellum

Как видно из табл. 12 кластер 11 содержит организмы близкие по таксономическому положению, и вид Mucidosphaerium pulchellum может рассматриваться как paиндикатором с вероятностью 100 %. 

Кластер 12: Вид Botryococcus brauni – obиндикатор сгруппирован с неиндикаторным видом Diplosphaera mucosa с высоким бутстреп-значением 77 %. В табл. 13 приведено таксономическое положение сгруппированных организмов.

Таблица 13

Таксономическое положение сгруппированных гидробионтов

Botryococcus brauni и Diplosphaera mucosa

DomainEukaryotaEukaryota
KingdomPlantaePlantae
PhylumChlorophytaChlorophyta
ClassTrebouxiophyceaeChlorophyceae
OrderTrebouxialesChaetophorales
FamilyBotryococcaceaeChaetophoraceae
Genus, SpeciesBotryococcus brauniDiplosphaera mucosa

Как видно из табл. 13 кластер 12 содержит организмы, близкие по таксономическому положению на уровне Phylum, и вид Diplosphaera mucosa может рассматриваться как индикатор obсапробности с вероятностью 77 %. 

Таким образом, по результатам исследования гипотетического хода эволюции гидробионтов озера Верхний Кабан по маркерному гену 18S рРНК проанализировано обобщённое молекулярное филогенетическое дерево, выделено 12 устойчивых кластеров с высоким бутстреп-значением (68 %–100 %), приведены 13 видов, которые могут рассматриваться как индикаторы разных зон сапробности на основе их кластеризации с существующими видами-индикаторами, близкими по молекулярно-генетическому эволюционному развитию и таксономическому положению.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В результате проведённого исследования по маркерному гену 18S рРНК гидробионтов озера Верхний Кабан список видов-индикаторов расширился на 13 видов:

водоросли: Diplosphaera mucosa (obсапробность), Mucidosphaerium pulchellum (paсапробность), Dinobryon pediforme (bмезосапробность), Gomphoneis minuta
(bмезосапробность), Nitzschia amphibia (obсапробность), Rhabdonema adriaticum
(obсапробность), Synura mammillosa (boсапробность), Cryptomonas ozolini
(bмезосапробность);

инфузории: Astylozoon enriquesi (bмезосапробность), Blepharocorys curvigula
(pсапробность), Enchelys gasterosteus (pсапробность), Monocoronella carnea
(abмезосапробность), Plagiopogon loricatus (baмезосапробность).

Большинство выявленных видов-индикаторов группируются возле
bмезосапробности, что указывает на экологическое состояние озера Верхний Кабан как на загрязненное по оценкам экологов.

REFERENCES

  1. 1. Frolova L. L., Sverdrup A. E., Malanin S. Yu., Drevenskaya O. Yu., Husainov A. V. and Kharchenko A. M. Metagenome of hydrobionts of Kaban lakes of Kazan city: a species diversity analysis by marker genes, 216 p. (Kazan University Press, 2019).
  2. Sladeček V. System of water quality from biological point of view, Arch. Hydrobiol. Beih., Ergebn. Limnol., 7, 1 (1973).
  3. Frolova L. L. and Sverdrup A. E. Diversity of Verhniy Kaban Lake by 18S rRNA of hydrobionts on next-generation sequecing method, Biosc.Biotech.Res.Comm., 12 (5), 329 (2019).
  4. Kharchenko A., Sverdrup A. and Frolova L. Studying Bacterial diversity of Verhniy Kaban Lake by 16S rRNA analysis, Helix Journal., 9 (5), 5545 (2019).
  5. Kharchenko A., Sverdrup A. and Frolova L. The monitoring of Verkhniy Kaban lake by rbcL gene of freshwater organisms using next-generation sequencing, International Journal of Green Pharmacy, 12 (03), 756 (2018).
  6. Frolova L. L. and Sverdrup A. E. A method of saprobity identification of hydrobionts for ecological assessment of water reservoirs, Patent of Russia №2698651, 25 (2019).
  7. Lafontaine D. L. J. and Tollervey D. Ribosomal RNA, https://www.lafontainelab.com/wp-content/uploads/Lafontaine2001els.pdf.
  8. Saitou N. and Nei M. The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees, Molecular Biology and Evolution, 4, 406 (1987).
  9. Tamura K., Nei M. and Kumar S. Prospects for inferring very large phylogenies by using the neighbor-joining method, Proceedings of the National Academy of Sciences (USA, 2004), p. 11030.
  10. Nei M. and Kumar S. Molecular Evolution and Phylogenetic (Oxford University Press, 2000). 
  11. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz Ch. and Namura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms, Molecular Biology and Evolution, 35 (6), 1547 (2018).
  12. Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap, Evolution, 39 (4), 783 (1985).